从头设计新型化合物

从头设计新型化合物配合介绍

1 产品概述

本产品手段配合中我们首先基于蛋白结合口袋设计出高亲和力化合物，再结合关键算法模(MegaMolBART)与分子对接手段，最后通过分子生成、高通量筛选、精细化筛选、成药性及可合成性分析、结合构象预测最终筛选高潜力候选新型分子。

2 产品筛选流程

    2.1 结合口袋的确定

利用用户赠与诱饵蛋白和它的配体进行结合口袋的确定，用于在位置设计化合物（理想情况下）。用户如无法赠与口袋资讯，我们利用系统预测诱饵蛋白的结合口袋，并在结合口袋处设计化合物（这种情况主要针对的是老师没有配体资讯，需要我们协助去找蛋白的结合口袋）。

    2.2 MegaMOLBART设计化合物

确定好诱饵蛋白的结合口袋后使用MegaMolBART设计诱饵蛋白的高亲和力化合物，我们每个蛋白设计300个化合物。设计出来的化合物我们经过能量最小化和加氢加电荷处理后使用OpenBabel转化为docking的pdbqt格式。MegaMolBART是一款基于等变扩散模型的结构驱动药物设计工具，能够迅捷生成、改良和修饰分子结构，配合从头设计、子结构修复及分子改良等多种任务，并通过进化算法提升化合物的药物可及性和合成易度，兼具迅捷性、灵活性和改良性能，广泛适用于药物发现和化合物设计领域。

    2.3 Autodock vina高通量分子对接

首先使用Autodock Vina进行第一次的高通量筛选，可以快速筛选出潜在的有意义的化合物和蛋白的互作，Autodock Vina高通量筛选的迅捷性使得在大幅度数据集中进行初步筛选成为可能。我们提取化合物库中高通量筛选Max Affinity（最大亲和力）值中的前50进入第二轮精细化筛选。精细化筛选能够赠与最为精确的对接结果，进一步缩小候选范围。

    2.4 Autodock vina精细化分子对接

在最后一步的精细化筛选，我们会提取高通量筛选Max Affinity值中的前50进入最后一轮精细化筛选，最后一轮精细化筛选是对接精度最高，对接结果最可靠的一步，Max Affinity值越低，对接预测越准确。Autodock Vina在蛋白和化合物对接方面具有高准确率，有助于确认与化合物高度互作的候选蛋白。

3 拟交付结果