从头设计环肽

从头设计高亲和力环肽配合介绍

1 产品概述

本产品借助计算设计与分子模拟手段，依据诱饵蛋白构建结构稳定、功能多样的环状肽分子。该手段打破传统依赖天然模板的设计方式，为新药研发等赠与有力支撑。其长处明显：一是能从头设计，摆脱天然肽序列限制；二是闭环结构可提升稳定性与体内药代表现；三是具备高通量筛选能力，结合 AI 与自动化流程，快速输出候选序列供实验验证。

2 产品设计流程

    2.1 结合位点的确定

利用蛋白与底物结合的活性区域设置结合位点区域用于环肽设计。

    2.2 环肽设计

确定好诱饵蛋白的对接位点后使用Evobind2设计对接位点区域的环肽，将环肽的长度设置为6-20个氨基酸。

    2.3 Autodock vina初步虚拟筛选

我们将筛选到的环肽进入Autodock Vina虚拟筛选步骤，可以更有效的、快速的识别出稳定性好、亲和力强的蛋白和环肽的互作。这是一个重要的筛选指标，有助于提高最终筛选结果的准确性。

    2.4 Autodock vina极限精确对接

提取虚拟筛选Max Affinity值中的10%进入精细化筛选，精细化筛选是对接精度更高，对接结果更可靠的一步，Max Affinity值越低，对接预测越准确。

3 拟交付结果